根据保密法及其实施条例，国家保密行政管理部门设定实施或者牵头实施了3项保密资质（格），分别是国家秘密载体印制资质认定，涉密信息系统集成资质认定和武器装备科研生产单位保密资格认定。在国家行政审批制度改革过程中，2014年国务院办公厅印发《关于公开国务院各部门行政审批事项等相关工作的通知》，将3项保密资质（格）确定为行政许可事项并对外正式公布。其中武器装备科研生产保密资格被认定为联合审批事项，国家保密局为牵头部门。
　　近年来，各类保密资质（格）认定和管理工作，特别是军工保密资格认定工作，坚决贯彻落实党中央决策部署，按照国务院行政审批“放管服”改革要求，不断优化体制机制，完善政策标准，强化监督管理，优化准入条件、降低制度性交易成本，为军民融合取得实质性进展和阶段性成果作出了重要贡献。
　　1.民营军工保密资格单位数量有显著提升。据有关部门的统计数字，截至2017年4月，全国取得军工保密资格的企事业单位中，非公有制单位占比已经超过1/2，保密资格认定工作在军民融合发展中的作用日益彰显。而在涉密信息系统集成和国家秘密载体印制资质单位中，非公有制企业占比应该会更高。
　　2.资质（格）单位的保密管理上了一个大台阶。例如，经过多轮武器装备科研生产单位审查认证，各军工保密资格单位对保密工作的重视程度显著提高，保密机构队伍建设得到加强，保密管理能力和水平大幅提升。
　　3.“放管服”改革深入推进。按照国务院审改办工作要求和《行政许可标准化指引》，保密部门简政放权，取消10余项中介服务事项，简化审批流程，减少证明性材料，提高审批效率，体现了依法行政和方便行政相对人的原则，取得了明显成效。同时，还公开了申请书、申请等级建议表、事项变更报告等10余项常用文本和错误示例，制定了《服务规范》《书面审查细则》等内部制度规范，公布了咨询投诉电话，落实受理单、办理时限承诺制度，申请渠道空前通畅，申请办理时间大大缩短，工作效率和服务质量明显提高。